Das Bundesjugendorchester steht in der Trägerschaft der Projektgesellschaft des Deutschen Musikrats und finanziert sich derzeit in etwa zu gleichen Teilen aus Mitteln des Bundes, Konzerteinnahmen und privaten Fördergeldern. Die langjährige erfolgreiche Arbeit des Bundesjugendorchesters beruht auf dieser Grundlage. Die Finanzierung des Bundesjugendorchesters ist jedoch regelmäßig knapp und nicht stets gesichert.

Um die dauerhafte Sicherung und Förderung des Bundesjugendorchesters zu gewährleisten, wurde die Stiftung Bundesjugendorchester gegründet. Aufgabe der Stiftung ist es vor allem, das Bundesjugendorchester finanziell als „vierte Säule“ zu stützen. Von der Stiftung bereitgestellte Gelder sollen in erster Linie die künstlerische Arbeit des Bundesjugendorchesters unterstützen, Sonderprojekte ermöglichen, die bislang aus finanziellen Gründen nicht verwirklicht werden können, die Übernahme von Teilnahmegebühren und Reisekosten ermöglichen, um zu verhindern, dass Schüler aus finanziellen Gründen nicht an den Arbeitsphasen und Tourneen des Orchesters teilnehmen können, und die Arbeitsbedingungen des Bundesjugendorchesters verbessern (z. B. im Hinblick auf Musikinstrumente).

Die Stiftung fördert darüber hinaus das Bundesjugendorchester unter ideellen, gesellschaftlichen und programmatischen Gesichtspunkten (z. B. Interessenvertretung gegenüber Dritten und noch stärkere Einbindung des Orchesters in Gesellschaft und Musikleben durch ein Netzwerk von Ehemaligen und Förderern).

Schließlich soll die Stiftung den Ehemaligen des Bundesjugendorchesters als  Anlaufpunkt dienen, um Ideen zur Förderung des Bundesjugendorchesters auszutauschen und den Kontakt zum Orchester und zu anderen Ehemaligen aufrecht zu erhalten.