Das Bundesjugendorchester hat keine:n Chefdirigent:in. Für jede Arbeitsphase werden von Neuem weltweit renommierte Dirigent:innen sowie junge, hervorragende Orchesterleitende engagiert. So standen bereits über 90 Dirigent:innen, darunter Sir Simon Rattle, Kirill Petrenko, Kurt Masur und Herbert von Karajan am Pult des jungen Ensembles.
Seit März 2018 ist Sir Simon Rattle Ehrendirigent des Bundesjugendorchesters.
Gerd Albrecht, Marc Albrecht, Christoph Altstaedt, Amy Andersson, Jörn Hinnerk Andresen, Matthias Bamert, Rudolf Barschai, Hermann Bäumer, Henri Bert, Gary Bertini, Andrey Boreyko, Rainer Glen Buschmann, John Carewe, Michele Carulli, Carl St.Clair, Roger Cover, Oskar Dann, Dennis Russell Davies, Hermann Dechant, Alondra de la Parra, Gustavo Dudamel, Tan Dun, Gabriel Feltz, Matthias Foremny, Carlo Maria Giulini, Herbert Görtz, Elias Grandy, Howard Griffiths, Maria Guinand, Cristóbal Halffter, Miguel Harth-Bedoya, Wolf-Dieter Hauschild, Thomas Hengelbrock, Peter Hirsch, Michael Hofstetter, Heinz Holliger, Paavo Järvi, James Judd, Herbert von Karajan, Bernhard Klee, Johannes Klumpp, Zdenek Kosler, Yakov Kreizberg, Patrick Lange, Artem Lonhinov, Oksana Lyniv, Alessandro de Marchi, Wayne Marshall, Kurt Masur, Werner Maklary, Leo McFall, Steven Mercurio, Ingo Metzmacher, Andris Nelsons, Werner Neuber, Thomas Neuhoff, Eiji Oue, Roberto Paternostro, Kirill Petrenko, Brandon Phillips, Marc Piollet, Christoph Prick, Ari Rasilainen, Sir Simon Rattle, Casper Richter, Shalom Ronli-Riklis, Bernd Ruf, Peter Ruzicka, Cymin Samawatie, Michael Sanderling, Stefan Sanderling, Heinrich Schiff, Helga Schmidt, Georg Schmöhe, Clemens Schuldt, Gernot Schulz, Gunther Schuller, Alexander Schwinck, Klauspeter Seibel, Alexander Shelley, Steven Sloane, Daniel Spaw, Jac van Steen, Karl-Heinz Steffens, Markus Stenz, Leopold Stokowski, Ansgar Striepens, Frank Strobel, Leslie Suganandarajah, Gilbert Varga, Christian Vasquez, Mario Venzago, Christian Voß, Volker Wangenheim, Bruno Weil, Sebastian Weigle, Bernhard Wulff, Lothar Zargrosek, Hans Zender
Michael Luig (1976), Hedwig Thierfelder (1976), Alexander Schwinck (1979), Gilbert Varga (1979), Rainer Glenn Buschmann (1981), Cristóbal Halffter (1982), John Carewe (1985), Bernhard Wulff (1986, 2023), Caspar Richter (1987), Christoph Altstaedt (2002–2004), Lorenz Nordmeyer (2004), Ivo Hentschel (2008), Hendrik Vestmann (2005), Ulrich Kern (2005/2006), Johannes Klumpp (2007), Daniel Geiss (2007), Alexander Merzyn (2012), Florian Wessel (2008), Jesko Sirvend (2012), Lukas Grimm (2014), Daniel Spaw (2019), David Bui (2020), Valentin Egel (2020), Harutyun Muradyan (2020), Oscar Jockel (2021), Friederike Scheunchen (2023), Aurel Dawidiuk (2024), Giorgio Musolesi (2024), Benedikt Kantert (2025)
(meist in Zusammenarbeit mit dem Forum Dirigieren des Deutschen Musikrats)
